Android從來都是Linux，但多年來Android一直獨立發(fā)展，其代碼沒有被整合到主流Linux中。Android和Linux的糾紛起源于2010年秋季，Google工程師帕特里克·布拉迪當時稱Android不是Linux，但實際情況并非如此。
Google為Android確立了不與主流Linux內(nèi)核兼容的策略，Linux基金會（Linux Foundation）穩(wěn)定版Linux內(nèi)核維護工程師、Linux驅動程序項目掌門格雷格·克羅赫曼（Greg Kroah-Hartman）表示，“Android內(nèi)核代碼不只是drivers/staging/android目錄下的一些驅動程序。Android系統(tǒng)的正常運行需要Google新開發(fā)的lock類型，以及核心系統(tǒng)中的hook。要為Android開發(fā)硬件驅動程序，開發(fā)者需要正確地使用新lock和奇異的安全模式，另外Android還使用了完全不同的幀緩沖器驅動程序接口。”
Android和Linux之間的差異來自多個方面，其中之一是Google的Android開發(fā)團隊采用自主方式解決能耗問題；另外一個因素是Android團隊忙于開發(fā)Android設備細節(jié)問題，在與Linux核心團隊合作方面做得不夠好。
開發(fā)者社區(qū)在如何恰當?shù)卦贚inux中處理Android特有代碼方面有很多爭論，爭論的結果是托瓦茲2009年年末將Android驅動程序剔出Linux內(nèi)核。
盡管Android團隊和Linux團隊有分歧，但Android從來沒有面臨因違反GPLv2而遭到Linux團隊起訴的風險。托瓦茲曾表示，有關Android違反GPL的說法是“完全錯誤的”。
托瓦茲去年秋季曾表示，“盡管還有許多工作需要做，但Android和Linux最終將回歸相同的內(nèi)核，這一工作在4-5年內(nèi)無法完成。”克羅赫曼當時也表示問題之一是，“Google的Android團隊人員少，任務緊，資源有限，從長期來看與我們合作有助于他們降低成本”。托瓦茲說，“我們只是過去一段時間的方向不同，從長期來看我們還會合二為一，所以我沒有什么好擔心的。”
Android和Linux整合的步伐快于預期，在去年10月份的內(nèi)核峰會上，Linux內(nèi)核開發(fā)者“一致認為，Android內(nèi)核代碼應當整合到主流內(nèi)核中”，并因此創(chuàng)建了Android主流化項目（Android Mainlining Project）。
克羅赫曼去年12月份表示，“在3.3版內(nèi)核發(fā)布時，Android內(nèi)核的絕大部分內(nèi)容將被整合到主流內(nèi)核中，但還有許多工作需要完成，才能更好地滿足內(nèi)核社區(qū)的需求，這需要更長的時間。”
目前Android代碼可以在Linux 3.3中編譯，而且能夠運行。但克羅赫曼指出，Android的WakeLocks尚未被整合到主流內(nèi)核中。